Reningsprocessen går kortfattat ut på att lakvatten pumpas in i en reaktor där slam bestående av mikroorganismer omvandlar det kväverika lakvattnet till kvävgas. Mikroorganismerna vill ha syre, näring och värme. När den reningsprocessen i reaktorn är klar pumpas vattnet vidare till ett sandfilter. Därefter, och efter noggranna provtagningar, är vattnet så rent att det kan pumpas ut direkt i Svartån. Vattnet tas om hand och renas vilket görs i en lakvattenreningsanläggning, en så kallad SBR-reaktor (Satsvis Biologisk rening).
Det som skiljer VafabMiljös anläggning mot övriga i landet är reaktorerna är isolerade och takförsedda vilket minskar energiåtgången och gör nedbrytningsprocessen mer effektiv när temperaturen för mikroorganismerna hålls jämn.